经过两审两公示，2006年“全国五一劳动奖状”、“全国五一劳动奖章”的获奖名单已正式公布。我校公共卫生学院荣获“全国五一劳动奖状”，是江苏省获奖单位中唯一的高等院校。这是公共卫生学院继2004年获“江苏省五一劳动奖状”后获得的又一殊荣。
公共卫生学院从名不见经传到建设成为一个全国同行刮目相看、交口称赞的学科群体，以自身鲜明的特色“强基础－学科融合；产学研－协调发展”，稳步走在了全国预防医学教学、科研、科技开发和社会服务的前列。在立足于加强自身建设的同时，学院始终保持着敏锐的职业感和强烈的社会责任感，倾心为社会服务。
2003年，面对突如其来的SARS，南京医科大学公共卫生学院认识到作为江苏预防医学教学研究的第一学府，不应简单满足于保护本院师生的安全，而要在发挥专业特长、协助政府决策、服务公众健康等方面完成一份圆满答卷。学院积极自觉参与抗击SARS的重要战斗，开辟了三个主战场：经科学论证，利用自己的技术优势，为“防非”日夜赶制万余支α-干扰素，保障了一线医务人员和高危人群的防病急需；加强科普宣传，直面公众介绍非典，传授正确预防知识，向社会派出了许多无形的防疫小分队；抓住时机，组建了“公共卫生突发事件咨询服务中心”，为随时应对公共卫生突发事件做好长期准备。危急时刻显身手，公共卫生学院使医学科技在关键时刻成为政府和人民手中不可估量的王牌武器。因表现突出，获得了2004年江苏省总工会颁发的五一劳动奖状。
学院还充分利用已组建的“公共卫生突发事件咨询服务与研究中心”，开通咨询网站，消除近年来社会上对SARS、艾滋、禽流感的恐惧心理，解答居民疑惑，为政府决策提供依据，同时还组织了专业人员在各种媒体上进行宣传与指导，有效地稳定社会，保障各项工作有条不紊地进行。学院教职工常常利用休息时间，带着专业知识和全心全意服务大众的真心实意，深入厂矿企业、乡间田头、居民小区、广场街道、老年公寓，开办讲座、分发宣传材料、义诊咨询、专题图片展、慰问孤寡老人。例如学院党总支某支部十年如一日，慰问关心光华门老年公寓的孤寡老人，普及健康知识，与老人们建立了深厚的感情，得到了群众的交口称赞。
学院还利用科技开发平台和已获得的计量认证资质以及卫生部、药监局、农业部认定的资质进行医药、农药、兽药、保健食品及健康相关产品的毒理学研究与安全性评价，为社会提供范围广泛的科技服务，为人民身体健康、生活质量改善和全社会的经济发展做出了贡献。
新世纪新阶段，公共卫生学院已精心规划更加宏伟远大的目标，强化内涵建设，促进自主创新，率先建成研究教学型学院，再建新业绩，再创新辉煌。